商丘分公司共设置办公室、党委办公室、监察室、考核办公室、人力资源部、财务资产部、通行费管理稽查部、运营监督管理分中心、路产管理部、养护管理部、服务区管理部、和济祁二期建设项目部等12个处室，下设1个路产管理大队（德上高速公路永城路产管理大队），1个监控分中心，4个收费站，其中1个省界收费站、3个匝道收费站，共55个车道（其中：入口21个、出口29个、ETC5个）。现有员工307人，其中正式员工183人，劳务派遣员工124人。