商丘分公司共设置永城收费站、永城东收费站、永城北收费站、永城路产管理大队、商丘运营监督管理分中心，机关设有办公室、财务资产部、人力资源部、党委办公室、工会、监察室、考核办、养护部、通管部、路产部、服务区管理部11部门，现有员工204人。
